עמותת הבוגרים שהוקמה ע"י בוגרי ובוגרות התוכנית, הוקמה על מנת ליצור רשת של קשרים בין בוגרי חבצלות מכלל המחזורים לטובת סיוע בתחומים שונים, הן בצבא והן מחוצה לה.

לעמותה היו כבר כמה פעילויות: פעם בשנה מתקיים כנס שנתי של כלל הבוגרים והבוגרות הכולל הרצאות בתחומים שונים ואוכל טוב. התקיים כנס במתחם IBM בקרית אריה ואורח הכבוד היה הרמטכ"ל שלעבר בני גנץ. ב-  LABS שבתל אביב, חברת Intel אירחה את העמותה לכנס ובו אורח הכבוד היה שר הביטחון לשעבר,  בוגי יעלון. 

לעמותת הבוגרים ישנן תכניות שרצות במהלך כל השנה: תוכנית מנטורים שבה בוגרים מבוגרים יותר משמשים מנטורים לבוגרים ממחזורים צעירים שסיימו את התכנית, MEETUPS, מפגשים בנושאים שונים והיד עוד נטויה. 

אנו רואים בעמותת הבוגרים חלק חשוב בשלבי ההתפתחות של בוגר תכנית חבצלות לאורך השירות ואחריו, זו היא רשת של בוגרים שעוזרת ותמשיך לעזור לבוגרים בכלל המסגרות.